东丽株式会社

从量子计算技术获得灵感
以共创方式开拓未知领域

传统通用计算机的性能局限性日益凸显,与此同时,民众对于量子计算技术的关注则急剧高涨。但是,目前,量子计算机在量子比特的稳定性和大规模化方面还存在亟待解决的课题。在这一背景下,富士通Digital Annealer应运而生,这是从量子计算技术获得灵感实现的计算机架构,可以从实用层面快速解决“组合优化问题”。东丽是一家材料制造企业,同时还从事医药品开发,公司与富士通合作共同推进Digital Annealer的实际运用。这一技术将有可能改变制药业及其市场格局。

得益于计算机能力的飞跃式发展,过去被认为不可能实现的计算正不断变为可能,得不到答案的难题也迎刃而解。以规模取胜的时代已经一去不复返,我们将与富士通以共创的方式,利用Digital Annealer技术开创智慧的新篇章。

东丽株式会社
医药研究所
研究主管
谷村隆次

背景

追求最优解,而非近似解 Digital Annealer值得期待

摩尔定律(注1) 中提到的计算机性能迭代正逐渐接近极限,与此相对的,作为下一代技术,量子计算备受期待。但现实中,能实际利用量子计算技术的具体解决方案尚且很少。在这样的背景下,富士通Digital Annealer采用退火(annealing)这一通用算法来解决“组合优化问题”,发挥数字技术的优势,将量子计算的优点通过数字电路进行再现。为了寻找将该方法运用到商业活动中的方法,富士通已经和多家企业推进相关共同研究,而东丽株式会社(以下简称“东丽”)就是其中之一。

首个共同研究项目的主题是“分子结构优化”,也就是验证是否可以利用Digital Annealer来预测蛋白质最稳定的结构。东丽医药研究所研究主管谷村隆次先生表示:“酵素、抗体、受容体等蛋白质的结构极其复杂,我们需要花费大量的精力做相关的实验来完成结构解析。”

想要通过实验解析蛋白质的结构,需要制作分子结构稳定的结晶,然后用X射线等对之进行分析。但是,如何制作稳定的蛋白质结晶本身就是一大难题。为了制作结晶,往往需要数月到半年,有时甚至需要一年的时间,即便如此,也可能并不能顺利结晶。因此,通过计算来预测蛋白质侧链 (注2) 配位(注3) 的最优组合问题备受关注。

谷村先生解释说:“对最稳定结构进行预测的组合算法其实之前就有了。但是,传统的通用计算机由于能力所限,只能对较小的蛋白质进行预测。由于大蛋白质增加了很多侧链配位的组合,无法在实用时间内获得答案。”

Digital Annealer的诞生使得这一局面有望被打破。

  • 注1
    摩尔定律是半导体行业的一个广为人知的定律,是指集成电路可容纳的元器件数量约每18个月便会增加一倍的经验法则
  • 注2
    侧链是指从构成蛋白质的氨基酸主链分出来的部分
  • 注3
    配位是指通过围绕单键旋转或围绕拥有孤对电子的原子进行立体反转而可相互变换的原子的空间配置

详细内容

以往无法解决的大规模组合难题如今也可以快速获得最优解

利用Digital Annealer对蛋白质侧链配位的最稳定结构进行预测共分两个步骤进行。首先,对已知最优组合的小蛋白质结构进行预测,并对预测结果是否与Digital Annealer给出的答案一致进行验证。在此基础上,再对目前为止现实中无法计算的大蛋白质结构进行预测。

富士通方面除了Digital Annealer专家外,还有精通蛋白质模拟实验的富士通研究所研究人员参与到了共同研究中,从2018年9月开始共花了约3个月的时间实施了预测计算。打个比方,比如有一个拥有100个侧链,侧链又有10个配位的大蛋白质,其组合就有10的100次方个。本次共同研究的目标就是在数分钟内从这些候补中探索出最稳定的结构。

谷村先生回顾项目时表示:“我们已经有用于计算的算法,也专门准备了能够将它们向Digital Annealer进行转换的接口,所以项目很顺利地就推进到实施阶段。”在验证用的蛋白质上确认到了正确答案,迄今为止通用电脑需要花费3~4个小时才能完成解析的大蛋白质,使用新技术只需20秒就能完成。

谷村先生强调说项目最大的成果就是“解决了传统方法无法解决的大蛋白质解析难题”。而最大的进步则是通过此次项目所获得的感触,即能够根据所需的功能设计出想要的蛋白质。

在此基础上,就可以对其性质、结构、功能进行改变。这也将有助于设计出容易和蛋白质结合的分子,从而成为新药开发的强有力的武器。

成果与展望

向In silico(计算机实验)的转变引领市场竞争格局变化

由于在本次共同研究项目中,东丽在通过Digital Annealer对蛋白质进行设计方面收获了信心,作为下一步,东丽将考虑开发一个设计程序来进行目标蛋白质的结构预测。目前,东丽和富士通共同研究的下一个课题也在计划当中。那就是尝试把它应用在东丽公司目前销售份额比较大的材料相关领域。两家公司还开始研究新算法的制定,以使用Digital Annealer 模拟聚合物和其他材料的开发。

另一方面,Digital Annealer也将从此次使用的1,024比特升级至第二代的8,192比特,从而可以应对更大规模的计算,适用范围也将更广泛,其可取得的成果也将更值得期待。

展望未来,谷村先生表示:“以前候补药品都是在随机评估后,再通过动物实验等来进行验证的。有高达100多万种可能性。未来我们希望可以通过计算缩减待评估的化合物数量,尽可能减少到100或者1,000左右”。也就是从In vivo(动物实验)向In vitro(试管实验)再向In silico(计算机实验)转变。

这一转变意味着新药研究开发竞争格局的变化。谷村先生表示:“In silico(计算机实验)精度提高的话,我们将以“智(慧)”取胜,而不再依靠规模化,期待这一时代的到来。”开拓未知领域,开启新篇章,东丽与富士通的共创举措将迈向新的高度。

东丽株式会社

地址:东京都中央区日本桥室町2-1-1 日本桥三井大厦
成立时间:1926年1月
员工人数:45,762人(截至2018年3月末,包括关联公司)
官方网站:https://www.toray.com/Open a new window

[Published in 2019]

Top of Page