Systemwalker Desktop Keeperにおいて、ファイアウォールをはさんで、別セグメントのクライアントを管理することはできますか？

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ファイアウォールをはさんで、別セグメントのクライアントを管理することはできますか？

管理できます。
管理サーバおよびクライアントで使用するポートをファイアウォールで開けているのであれば、管理できます。