Systemwalker Desktop Patrolで、セキュリティパッチを適用する際、その適用を実行するユーザーの指定は必要ですか？

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セキュリティパッチを適用する際、その適用を実行するユーザーの設定は必要ですか？

必要ありません。
セキュリティパッチの適用はシステム権限で行われます。