Systemwalker Desktop Patrolで、インベントリ収集のタイミングを、ある特定のCTだけ変更できますか？

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インベントリ収集のタイミングを、ある特定のCTだけ変更できますか？

できます。
「ポリシーグループ」単位でCTをグルーピングできます。
特定のCTだけを含むポリシーグループを作成すれば、特定のCTだけインベントリ収集のタイミングを変更できます。