Systemwalker Desktop Patrolで管理している部門の構成変更について

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すでに存在する部門と部門との間に、新しい部門を追加できますか？

追加できます。
部門管理情報マスタをダウンロードし、新しい部門を追加します。新しい部門配下に、存在する部門を設定する場合は、上位部門コードに新しい部門の部門コードを指定し、アップロードして更新します。