Systemwalker Desktop Keeperの原本保管について、50MBを超えたファイルでも原本保管がされないだけで、持出しはできますか？

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原本保管について、50MBを超えたファイルでも原本保管がされないだけで、持出しはできますか？

できません。
ファイルサイズが原本ファイル保管時の1ファイル当たりの最大サイズ（最大50MB）を超えると、原本保管も持出しもできません。
V15.1.3以降は1ファイルの最大サイズ及び、１回の持ち出しの合計容量が最大5000MBまで原本保管が可能です。