Systemwalker Desktop Keeperにおいて、目的別集計と情報漏洩予防診断の集計結果が一致しないことはありますか？

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目的別集計と情報漏洩予防診断の集計結果が一致しないことはありますか？

一致しないことがあります。
情報漏洩予防診断はバッチ集計かつ保存期間が1年間固定なのに対し、目的別集計はリアルタイムに集計し保存期間は任意指定可（最大1年間）なので、両者の集計結果や表示は必ずしも一致しません。