Interstage List CreatorのPDFファイル結合機能は、Interstage List Creator以外で生成した既存のPDFを利用できますか？

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PDFファイル結合機能は、Interstage List Creator以外で生成した既存のPDFを利用できますか？

できません。
Interstage List Creatorが提供するPDFファイルの結合機能は、Interstage List Creatorで生成したPDFだけが対象となります。