Interstage List Creator Enterprise Editionにおいて、生成したPDFファイルの暗号化はできますか？

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Interstage List Creator Enterprise Editionにおいて、生成したPDFファイルの暗号化はできますか？

できます。
Interstage List Creatorは、PDFを生成するときに暗号化します。暗号化には、40bit暗号化と128bit暗号化を選択することができ、128bit暗号化では細かなセキュリティオプションを設定することができます。