Interstage List Creatorにおいて、EIAJバーコード（様式C-3およびDラベル）を出力することはできますか？

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EIAJバーコード（様式C-3およびDラベル）を出力することはできますか？

できます。
バーコード種別に「Code 3 of 9(EIAJ準拠)」を指定することで出力できます。出力できる様式は、様式 C-3ラベル、様式 Dラベル、標準納品書、および標準返品伝票の1段表記です。