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新規医薬品設計 - OPMF (Optimum Packing of Molecular Fragments)

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OPMFを活用した利用イメージ

  • 独自手法を用いて、標的タンパク質に対して活性が期待される候補化合物構造を創出します。
  • 酵素-基質間相互作用やタンパク質間相互作用を標的とする低分子薬物候補化合物の設計に利用できます。
  • ヒット創出だけでなく、リード化合物の最適化においても適用できます。

OPMF概略図


特長

de novo 設計

  • 既知の活性化合物情報によらず、標的タンパク質の立体構造情報のみから新規に活性化合物構造を設計します。

 

抽象フラグメントによるアプローチ

  • 抽象フラグメントを用いて、タンパク質との形状相補性を満たす骨格構造を探索した後、分子の電子的性質を考慮して具体的な原子種を割り当てることにより、効率よく化合物構造を設計できます。
  • 抽象フラグメント:薬物分子によくみられる部分構造(フラグメント)を、原子の種類を抽象化した仮想的な原子で構成した構造。


機能

フラグメント配置

  • タンパク質の活性部位において、各抽象フラグメントの安定な位置を複数探索します。

 

フラグメント結合

  • 安定な位置に配置された抽象フラグメントから、連結可能な任意の組合わせを選択し、抽象フラグメント間を、化学的に可能な形で連結し、骨格を形成します。

 

選択

  • 物理・化学・生物学的制約条件から抽象骨格レベルでの絞り込みを行います。

 

実原子割当

  • 水素結合の可能性や合成可能性を考慮したうえで原子種を割り当て実構造を生成します。

 

活性予測

  • 分子動力学法(MD)や分子軌道法(MO)などのシミュレーション手法による活性予測を行います。


関連情報

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その他、細かい情報についてはカタログ・資料よりご確認ください。

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