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研究をサポートする多彩な機能

MOE

MOEは、創薬・生命科学研究における問題を解決するための計算化学的な解析手法を提供します。例えば、実験では取り扱えないほどの膨大な数の化合物ライブラリーから効率よく目的の化合物に絞り込むことができます。

また、3Dグラフィックスを用いて、化学式やアミノ酸配列だけでは予測が難しい分子の特徴を可視化します。さらに、生命科学における解釈困難な現象のメカニズムを、論理的な裏付けをもって解明することにも役立ちます。

MOE

分子を表示・構築・操作するための分子モデリング環境が搭載されています。構築した分子系に対して、ポテンシャルエネルギー計算や安定構造の予測、熱運動の解析など、精度の高い分子シミュレーションが可能です。

  • 分子モデリング環境
    • 分子構築
    • 分子構造の表示と出力
    • アミノ酸、塩基配列表示
  • 分子シミュレーション
    • 分子構造の前処理
    • 分子力学計算
      (Molecular Mechanics: MM)
    • 分子動力学計算
      (Molecular Dynamics: MD)
    • 配座解析
    • 分子アライメント
    • 量子化学計算インターフェース
    • スペクトル解析
分子モデリング・シミュレーション
MOE

アミノ酸配列を入力としてホモロジー検索、配列アライメントを経てタンパク質の単量体や多量体、抗体の立体構造予測を行います。既知の立体構造や変異体モデルに対する物性推算、表面解析、相互作用解析を行うことで対象タンパク質の特徴や重要残基の知見を得ることが可能です。

  • タンパク質モデリング
    • ホモロジー検索
    • アミノ酸配列アラインメント
    • ホモロジーモデリング
    • タンパク質-タンパク質ドッキング
  • タンパク質デザイン・抗体医薬
    • タンパク質工学/ペプチドデザイン
    • ループグラフィティング
    • ループ/リンカーモデリング
    • 翻訳語装飾モデリング
    • フォーカスドライブラリー
    • ペプチド・タンパク質構造構築
  • <タンパク質解析>
    • 表面パッチ解析
    • タンパク質物性推算
    • タンパク質相互作用解析
    • 構造ひずみチェック
    • アミノ酸残基のpKa予測
    • ドメインモチーフ検索
    • タンパク質重ね合わせ
タンパク質モデリングと構造解析
MOE

受容体構造を利用した様々なリガンドデザイン機能が搭載されています。結合部位内での対話的な分子設計、フラグメントを用いた分子設計などにより、新規リガンド候補を探索します。リガンド-受容体の結合モデルが未知の場合にも、ドッキングシミュレーションを行い、結合モデルの予測が可能です。また、タンパク質-リガンド相互作用解析機能を用いることで、妥当な候補構造の絞り込みや重要な相互作用の検出が可能です。

  • 新規リガンドの探索
    • ドッキングシミュレーション
       - 標準ドッキング
       - テンプレートドッキング
       - 電子密度ドッキング
       - Covalent Docking
       - 外部プログラムの利用
    • フラグメント結合位置検索
  • 新規リガンドの設計
    • 結合部位での分子設計
    • ペプチドリガンドの探索
    • 分子フラグメントデータベース
    • フラグメントベースの分子設計
  • タンパク質-リガンド相互作用解析
    • 3D-RISM法による相互作用解析
    • Protein Ligand Interaction Fingerprints(PLIF)
  • プロジェクトデータ管理
    • MOE Project
    • Project Search
  • リガンド結合部位の特徴付け
    • ドッキングの2次元図
    • タンパク質表面解析
    • 分子表面付近の特徴解析
    • ポケット探索
受容体構造に基づく分子設計
MOE

操作性に優れた分子データベース機能を利用して、大規模な分子ライブラリーを取り扱うことが可能です。さらに、ケムインフォマティクスの様々な手法が組み込まれており、ライブラリーの設計からリード化合物探索、リード最適化に至るまでの創薬研究において利用される多くの機能を提供しています。

  • 定量的構造活性相関(QSAR)
    • 線形モデル
    • 確率モデル
    • 決定木モデル
  • 定量的構造物性相関(QSPR)
  • MOEsaic
    • MMP解析
    • R-group解析
    • 物性値の推算、プロット、フィルタリング
    • ドキュメント作成機能
  • 分子記述子の算出
  • ライブラリー設計
    • 分子の前処理
    • コンビナトリアルライブラリー設計
    • 逆合成解析(RECAP解析)
  • ライブラリー解析
    • フィンガープリントによる類似構造検索
    • クラスター解析
    • 分散抽出
    • Structure-Activity Report(SAReport)

MOE

ファーマコフォアモデルとは、化合物を部分構造や受容体との認識に関わる化学的特性(フィーチャー)の3次元配置でモデル化したものです。ファーマコフォアモデルは、標的タンパク質と結合し得る化合物の探索やドッキングシミュレーションにおける相互作用の拘束などに利用できます。

  • フォーマコフォアモデルの構築・編集
    • ファーマコフォアフィーチャー
    • ファーマコフォアスキーム
    • 拡張Huckel法を用いたファーマコフォアアノテーション(EHTスキーム)
    • フィーチャ間の拘束、ボリュームの定義
  • 化合物群に共通するファーチャーの抽出方法
    • Pharmacophore Consensus
    • Pharmacophore Elucidation
    • Protein Ligand Interaction Fingerprint
  • ファーマコフォアモデルによる絞り込み
    • ファーマコフォア検索
    • ファーマコフォアモデルを利用した拘束
  • 化合物配座解析データベースの準備
    • 高速配座解析(Conformation Import)
    • リードライク化合物配座解析データベース