GTM-MML4VXJ
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機能

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  • Builder機能
    • Molecule Builder
      • 分子構造の作成、分子構造の編集(原子の付加、削除、置換、結合の付加、削除、次数の変更、水素原子の自動付加等)
      • コンフォマーの発生
    • Liquid Builder
      • 3次元アモルファスバルクモデルの構築(混合系も含む)
  • Visualizer機能
    • マウス操作による分子の回転、平行移動、拡大縮小
    • 結合距離、角度、二面角の測定
    • 計算や検証結果のインタラクティブな表示
  • フラグメント化機能new
    • パラメーター作成のための分子系からモデル分子への自動フラグメント化
    • 分子フラグメント作成のためのSMILES文字列のアサイン機能
  • 力場データベースnew
    • データベース中での分子フラグメントと力場パラメーター管理機能
    • 挿入、削除、検索、リスト機能
    • データベース管理用スプレッドシートインターフェース
    • 目的分子系に対する自動力場割付
    • 力場代用性解析機能
  • 力場 Force Field(General)
    • CHARMM、AMBER、CFFファイルフォーマットのサポート
    • 力場ファイルの読み込み、書き出し、読み込んだ力場へのパラメーターの追加
    • 力場パラメーターを他の力場に合うように変換する機能
    • スプレッドシートによる力場編集機能
    • 自動、手動による力場タイプの割り付け
    • Force Field charge パラメーターの自動計算
    • 力場パラメーターの欠如チェック
  • 簡易パラメーター作成機能 Quick Parameterization (Estimating)
    • Basic atomic parametersを基にしたパラメーターの簡易作成機能
    • Charge Equilibrium法による電荷計算
    • Charge Equilibrium法による電荷計算
  • 量子化学計算結果によるパラメーター作成機能
    • 量子化学計算に対するValence、電荷、VDW パラメーターのフィッティング
    • 様々な分子系に対応したフィッティング機能:孤立分子、複数の分子、コンフォマー、クラスターモデル、有機金属錯体
    • ユーザ定義の制限による量子化学計算の静電ポテンシャルへのフィッティング(RESP)
    • 分子動力学シミュレーションとStatistical Mechanical Perturbation Theoryを用いたVDWパラメーターの最適化
    • フィッティング結果の自動解析、検証機能
  • シミュレーション
    • 最適化計算-共役勾配法、BFGS法
    • 分子動力学 - NVE、NVT、NPTアンサンブルに対応
    • 力場シミュレーションプログラムに対応したファイルの出力
  • 量子化学計算のサポート
    • 量子化学計算プログラム: Gaussian 94、98 、GAMESSの入力作成機能および計算実行機能
    • Zマトリックスの自動作成機能
    • 所定のフォーマットをあわせることによる他の量子化学計算データの読み込み機能
  • ユーザ関連機能
    • Windowsベースのインターフェース
    • ファイルのプロジェクトによる管理
    • 使用頻度の高いコマンドはツールバーから直接アクセス
    • タブパネルによる分子モデルの管理
    • オンラインドキュメントとチュートリアル