Systemwalker Service Quality Coordinatorにおける、可変ファイル格納ディレクトリへのウイルススキャンについて教えてください。

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可変ファイル格納ディレクトリに対して、ウイルススキャンが行われている時にエラーが発生することはありますか？

あります。
可変ファイル格納ディレクトリ配下のファイルに対してウイルススキャンが行われ、ファイルがロックされている時に、Systemwalker Service Quality Coordinatorがそのファイルにアクセスするとエラーが発生します。
対処として、可変ファイル格納ディレクトリをウイルススキャンの対象からはずしてください。