Systemwalker Operation Managerで、バッチファイル内などでFCOPYSVR.EXEまたはfcopysvrコマンドを使用した場合、転送処理そのものが実際に終了していないのに、次のコマンドが実行されてしまうことはありますか？

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バッチファイル内などでFCOPYSVR.EXEまたはfcopysvrコマンドを使用した場合、転送処理そのものが実際に終了していないのに、次のコマンドが実行されてしまうことはありますか？

ありません。
FCOPYSVR.EXEおよびfcopysvrコマンドは、OSにファイル転送処理を依頼し、OS側からのレスポンスを待ち、転送処理がすべて完了した時点で終了（復帰）します。そのため、転送処理そのものが実際に終了していないのに、次のコマンドが実行されることはありません。