Systemwalker Operation Managerで、条件で分岐したあと、ジョブのフローを合流させることはできますか？

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条件で分岐したあと、ジョブのフローを合流させることはできますか？

できます。
詳細については、以下のマニュアルを参照してください。

　Systemwalker Operation Manager V16.0.0 運用ガイド
　　第4章 ジョブをスケジュールする
　　　4.1 ジョブのスケジュールに必要な知識
　　　　4.1.5 先行ジョブの終了コードによる後続ジョブの切分けについて

なお、上記以外の製品レベルについては、該当するマニュアル箇所を参照してください。