サブシステムを追加するにあたりkernel.msgmniの値を増やした場合、Systemwalker Operation Manager Enterprise EditionおよびGlobal Enterprise Editionに影響はありますか？

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サブシステムを追加するにあたりkernel.msgmniの値を増やした場合、Systemwalker Operation Manager Enterprise EditionおよびGlobal Enterprise Editionに影響はありますか？

影響はありません。
Systemwalker Operation Managerとしては、kernel.msgmniの値が「4×利用サブシステムの数」分確保されていればよく、その確保された分をSystemwalker Operation Managerで使用するだけの動きになりますので、kernel.msgmnbの値を必要以上に増やしたことによる影響はありません。