Systemwalker Operation Managerの拡張ユーザ設定を実施した場合、OSユーザーを使用した処理に影響はありますか？

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拡張ユーザ設定を実施した場合、OSユーザーを使用した処理に影響はありますか？

ありません。
拡張ユーザ管理機能はSystemwalker Operation Managerの利用ユーザーを拡張するものであり、拡張されたユーザーはSystemwalker Operation Managerだけで管理しています。OS側ではSystemwalker Operation Managerで拡張されたユーザーを意識しません。このため、OSユーザーを使用しての処理に影響が出ることはありません。