Systemwalker Operation Managerで、サービス起動時の後処理として、Windowsのコマンドを実行させることはできますか？

Systemwalker Operation Managerのよくあるご質問を検索できます。

Systemwalker Operation Manager の技術情報はこちら

サービス起動時の後処理として、Windowsのコマンドを実行させることはできますか？

できます。
Windowsのコマンドをジョブとして登録し、そのジョブを登録したジョブネットの起動条件として［サーバ起動時に起動］を設定してください。