FTPの設定で「匿名接続を許可する」のチェックを各サーバで外そうと検討しているのですが、Systemwalker Operation Managerとしては問題ありませんか？

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FTPの設定で「匿名接続を許可する」のチェックを各サーバで外そうと検討しているのですが、Systemwalker Operation Managerとしては問題ありませんか？

問題ありません。
Systemwalker Operation Managerでは、業務連携機能でFTPを使用する場合がありますが、匿名アクセスすることはありません。パスワード管理簿で一意のユーザーおよびパスワードを利用します。
そのため、Systemwalker Operation Managerでは、FTPサイトの匿名接続を許可しない設定でも問題ありません。