Systemwalker Operation Managerで、バックアップを採取したあとに新規にプロジェクトとジョブネットを登録し、バックアップのリストアを行いましたが、新規に登録したプロジェクトとジョブネットが登録されたままです。この動きは正しい動作ですか？

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バックアップを採取したあとに新規にプロジェクトとジョブネットを登録し、バックアップのリストアを行いましたが、新規に登録したプロジェクトとジョブネットが登録されたままです。この動きは正しい動作ですか？

はい、正しい動作です。
リストアコマンドmprsoでリストアされた場合、バックアップ後に新規に作成されたプロジェクトとジョブネットは、削除されません。

V16.0.0以降では、指定したサブシステム内のすべてのプロジェクト・ジョブネットを削除するjobschinitコマンドを提供しています。
リストア前に、本コマンドを実行することで、バックアップ後に登録したプロジェクトとジョブネットをすべて削除できます。