Systemwalker Operation Managerで、エクスポート／インポート機能を利用し、ジョブネットの情報を同一サーバの別のプロジェクトにコピーします。

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エクスポート／インポート機能を利用し、ジョブネットの情報を同一サーバの別のプロジェクトにコピーします。ジョブネット名が同じために、コピーした別プロジェクトのジョブネットと元々のジョブネットが混同して処理されるようなことはありますか？

ありません。
ジョブスケジューラは、プロジェクトを先頭とするツリー構造で各情報を認識します。そのため、プロジェクトが異なればジョブネット名が同一でも、別のジョブネットとして扱われ、混同して処理されるようなことはありません。また、ジョブスケジューラが出力するログにもプロジェクト名が記載されているので混同するようなことはありません。

ただし、ジョブネットの起動条件がメッセージ事象であった場合には、注意が必要です。メッセージ事象を発生させるjobschmsgeventコマンドを、プロジェクト名を指定しないで実行した場合に、発生したメッセージ事象を両方のジョブネットが受け取ってしまいます。区別する必要がある場合は、プロジェクト名を指定して、jobschmsgeventコマンドを実行してください。