Systemwalker Operation Managerで、ジョブ単位の操作を行うコマンドはありますか？

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jobschcontrolコマンドはジョブネット単位でジョブネットの操作を行うコマンドですが、ジョブ単位の操作を行うコマンドはありますか？

あります。
ジョブ単位の制御には、jobschctljobコマンドを使用してください。