Systemwalker Operation Managerのジョブネットが「実行中」の状態で、サーバをリブートをしたところ、ジョブネットから起動したバッチが途中までしか処理をしませんでした。

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ジョブネットが「実行中」の状態で、サーバをリブートをしたところ、ジョブネットから起動したバッチが途中までしか処理をしませんでした。これは正常な動作ですか？

Systemwalker Operation Managerとしての正常な動作です。
サーバをリブート・シャットダウンする場合は、実行中、終了遅延および警告のジョブネットがないことを確認してください。