Systemwalker Operation Managerは、Linuxのudev機能のby-id名で運用することで問題がありますか？

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Linuxのudev機能のby-id名で運用することで問題がありますか？

問題ありません。
本機能は、OSとデバイス間での機能となりますので、OS上で正常に認識できる環境にすれば、Systemwalker Operation Managerとしては運用に問題ありません。