Systemwalker Operation Managerを旧環境から新環境に移行する際、5台のサーバから1台のサーバにデータを集約することはできますか？

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旧環境から新環境に移行する際、5台のサーバから1台のサーバにデータを集約することはできますか？

できます。
ただし、プロジェクト名やカレンダ名が重複する場合は、それぞれ名前を変えて集約する必要があります。