Systemwalker Operation Managerで、監視ホスト定義をomgrmonitorコマンドで行う場合、CSVファイルはShift_JISにするようにとマニュアルに記載があります。EUCの環境で構築しているので、viエディタなどで見ると改行等が文字化けしています。

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監視ホスト定義をomgrmonitorコマンドで行う場合、CSVファイルはShift_JISにするようにとマニュアルに記載があります。EUCの環境で構築しているので、viエディタなどで見ると改行等が文字化けしています。問題ありませんか？

問題はありません。
CSVファイルはShift_JISで定義する必要があり、EUCの環境で確認した場合に文字化けしても問題はありません。