Systemwalker Operation Managerで、分散実行先サーバのマザーボードを交換するため、サーバを停止します。

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分散実行先サーバのマザーボードを交換するため、サーバを停止します。その間も運用を行いますが、何か問題はありますか？

問題ありません。
スケジュールサーバ上で次の依頼先ホストにジョブを依頼するので問題ありません。なお、停止していた分散実行先サーバが起動しても、分散実行先サーバとして機能するまでに、最大10分の間隔が必要になることがあります。