Systemwalker Desktop Patrolのソフトウェア配信では自動インストール（サイレントインストール）は可能ですか？

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ソフトウェア配信では自動インストール（サイレントインストール）も行えますか？また、できるとすれば自動インストールできるソフトウェアの条件もしくは制限などはありますか？

可能です。
サイレントインストールを行う際には、ダウンロードソフトウェアをサーバー側で圧縮し、ダウンロード時にクライアント側で復元して、指定されたインストーラーを指定した権限で起動します。
ダウンロード対象が実行プログラムの場合、実行プログラムが起動された時点で、そのプログラムが表示出力する画面の表示禁止などの処理は行っていません。そのため、サイレントインストールする、対象のソフトウェアはインストール時に、メッセージ表示しない場合に限ります。