Systemwalker Centric Managerにおいて、アプリケーションの監視設定を行う際、同サーバで同名の実行ファイルだが起動オプションが異なるプロセスを別々に監視することはできないのですか？

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アプリケーションの監視設定を行う際、同サーバで同名の実行ファイルだが起動オプションが異なるプロセスを別々に監視することはできないのですか？

できません。
同一のディレクトリに存在する同名のアプリケーションをオプション別で監視することはできません。プロセス数の上限／下限による方法で代替してください。