Systemwalker Centric Managerにおいて、ノードを部門管理サーバの配下に作成する際、部門管理のフォルダを選択して、ノードの作成をすればよいですか？

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ノードを部門管理サーバの配下に作成する際、部門管理のフォルダを選択して、ノードの作成をすればよいですか？

はい。
部門管理のフォルダを選択して、ノードの作成を行ってください。