Systemwalker Centric Managerにおいて、SMARTACCESSと連携する場合のコンソール操作制御機能のcheck_kindオプションについて教えてください。

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「2（操作ごとの保護）」を選択した場合、操作時に表示される「操作の判定（ユーザー／パスワード入力）」画面を1度も表示させなくする方法はありますか？SMARTACCESSと連携した場合は、表示されなくなるものですか？

画面を表示させない方法はありません。
SMARTACCESSで認証した内容が「操作の判定（ユーザー／パスワード入力）」画面に入力されて認証される仕組みです。
画面自体は一瞬表示されますが、カードを差すことによって自動的にログイン認証されます。