Systemwalker Centric Managerにおいて、共有ディスクのログファイル監視をしている状態で、プライマリノードとセカンダリノードを再起動する場合は、それぞれのノード上で、pcentricmgr/scentricmgrを実行してもよいですか？

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共有ディスクのログファイル監視をしている状態で、プライマリノードとセカンダリノードを再起動する場合は、それぞれのノード上で、pcentricmgr/scentricmgrを実行してもよいですか？

実行しても問題ありません。
共有ディスクのログファイル監視をしている状態であっても、プライマリノードとセカンダリノードを再起動する場合は、特に意識することなく、それぞれのノード上で、pcentricmgr/scentricmgrを実行して結構です。
クラスタ環境であっても、Centric Managerのシステム監視機能（ログファイルを監視する機能）は、プライマリ、セカンダリ双方で動いています。
フェールオーバ時のサービスのOnline/Offlineスクリプトに、opasfmon コマンドで登録するのは、そのフェールオーバに応じて、プライマリ側で監視をするよう設定するためだけのものです。
フェールオーバ時のスクリプトに登録している状態でサービスを再起動しても、opasfmonで登録している状態は引き継がれますので特に意識せず、プライマリとセカンダリでpcentricmgr/scentricmgrを実行してください。