Systemwalker Centric Managerにおいて、運用管理サーバにNICが2枚あるとき、それぞれのNICに対して、別々のエージェントがメッセージを送信することはできますか？

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運用管理サーバにNICが2枚あるとき、それぞれのNICに対して、別々のエージェントがメッセージを送信することはできますか？

できます。
各エージェントの通信環境定義のメッセージ送信先に、エージェントから通信できるほうの運用管理サーバのNICのホスト名を登録してください。
運用管理クライアントは、運用管理サーバのNICの代表IPに接続するようにし、運用管理サーバのNICはルーティングをしてください。