Systemwalker Centric Managerにおいて、Systemwalkerテンプレートを適用することで監視したいメッセージが通知されないことはありますか？

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Systemwalkerテンプレートを適用することで監視したいメッセージが通知されないことはありますか？

ありません。
Systemwalkerテンプレートでは各製品が出力するメッセージの重要度に応じて、イベントを通知する／しない定義を提供しています。
そのため、Systemwalkerテンプレートを適用することで、監視の必要な重要メッセージが通知されなくなることはありません。

上記に加え、Systemwalkerテンプレートでは、監視する上で特に重要なメッセージ（ハード異常やクラスタフェールオーバに関するメッセージなど）は最重要イベントとして通知し、運用管理に必要な情報・通知レベルのメッセージ（状態変更を示すメッセージなど）は警告イベントとして通知する定義を提供しています。
これらの定義内容でお客様環境の運用方針と差異がある場合には、ユーザー定義を追加の上でご利用ください。