Systemwalker Centric Managerで、エージェントの登録で同じホスト名を使用して別々のサーバを登録できますか？

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エージェントの登録で同じホスト名を使用して別々のサーバを登録できますか？

できます。
以下の方法で設定を行ってください。
プログラムメニューの［Systemwalker Centric Manager］－［環境設定］－［システム監視設定］－［通信環境定義］の「自ホスト名」を、ユーザー指定として、ホスト名の別名を設定してください。