Systemwalker Centric Managerにおいて、配付先サーバに適用先IDが定義されていないサーバ資源をメンテナンス版数で配付すると、配付済みの古い資源が適用されます。

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サーバ資源をメンテナンス版数で配付しましたが、配付先サーバに適用先IDが定義されていませんでした。そのため、配付したあとで適用先IDを定義し、OSを再起動したところ配付済みの古い資源が適用されました。仕様ですか？

仕様です。
メンテナンス版数でサーバ資源を配付した場合の仕様の動作です。サーバ資源を配付したあとで、適用先IDを定義する場合は、定義した段階で古い資源を適用してください。