Interstage List Worksにおいて、帳票や保管フォルダを新しいバージョンレベルに移行できますか？

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帳票や保管フォルダを新しいバージョンレベルに移行できますか？

できます。
電子保存機能では、移行ツールを使用して移行することにより、旧版で使用していた帳票や保管フォルダを新しいバージョンレベルで使用することができます。