Interstage List Worksにおいて、保管フォルダの帳票の中から、帳票データに特定の文字列を含む帳票を検索できますか？

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保管フォルダの帳票の中から、帳票データに特定の文字列を含む帳票を検索できますか？

できます。
保管フォルダ単位（サブフォルダを含む）に検索することができます。