Interstage List WorksのWeb連携の画面をカスタマイズできますか？

Interstage List Worksのよくあるご質問を検索できます。

Web連携の画面をカスタマイズできますか？

できます。
JSPファイルを編集することにより、保管フォルダの一覧、帳票の一覧などの画面レイアウトを変更できます。