Interstage List Worksの製品媒体に同梱されているデータベース機能を使用して、ユーザーアプリケーションを運用できますか？

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製品媒体に同梱されているデータベース機能を使用して、ユーザーアプリケーションを開発・運用できますか？

できません。
データベース機能として、Symfoware Server 相当の機能が同梱されていますが、Interstage List Worksが提供する機能の範囲で使用することを前提としています。ユーザーアプリケーションを運用したい場合は、別途、製品版のSymfoware Serverを購入してください。