Interstage List Worksにおいて、複数のレイアウト（オーバレイ）がある帳票は登録できますか？

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複数のレイアウト（オーバレイ）がある帳票は登録できますか？

できます。ただし、用紙サイズや用紙方向を統一する必要があります。
用紙サイズや用紙方向が異なる帳票は、OSIV SystemWalker/PrintASSORT（Windows(ｘ86)版、Solaris版）、または「帳票仕分け機能」を使用して、帳票を分割してください。