ジョブにおいて、すべてのバッチアプリケーションがシェルスクリプトなどのユーティリティでも、問題ありませんか？

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ジョブにおいて、すべてのバッチアプリケーションがシェルスクリプト（COBOL／Cアプリケーションが1本もないジョブ）でも、ジョブの実行に問題はありませんか？

はい。
すべてのバッチアプリケーションがユーティリティでも、ジョブの実行には問題ありません。