バッチ実行基盤（Java）において、フロー前処理、および、フロー後処理は、フローの実行単位に実行されますか？

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バッチ実行基盤（Java）において、フロー前処理、および、フロー後処理は、フローの実行単位に実行されますか？

はい。
フロー前処理、および、フロー後処理は、フローごとに1回ずつ実行されます。