マルチジョブコントローラ機能で、一時ファイルを使って、ジョブステップ間のデータの受け渡しをすることはできますか？

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マニュアルに、マルチジョブコントローラはジョブステップ間のデータをメモリで受け渡しする旨、記載されていますが、メモリではなく、一時ファイルで受け渡すことはできますか？

できません。
マルチジョブコントローラは、ジョブステップ間のデータを名前付きパイプの通信（メモリ）にして、高速化する機能です。