バッチアプリケーションのシェルスクリプトからJavaアプリケーションを起動する場合、ファイル管理機能は使用できますか？

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バッチアプリケーションのシェルスクリプトからJavaアプリケーションを起動する場合、ファイル管理機能は使用できますか？ また、使用するうえで制限事項はありますか？

使用するうえで制限はありません。
Javaアプリケーションでファイル管理機能が割り当てたファイルを使用する場合、ファイル名は環境変数から取得してください。