ファイルの排他制御は、異なるジョブの実行環境間でも有効ですか？

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ファイルの排他制御は、異なるジョブの実行環境間でも有効ですか？

有効です。
ファイルの排他制御では、Interstage Job Workload Serverのバッチ実行環境で動作するジョブ間で、ジョブが使用するファイルの排他を行います。