世代ファイルの登録（btfwaddgenfileinfコマンド）で、初回登録時に-rオプションを指定するとエラーになるのは、仕様ですか？

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世代ファイルの登録（btfwaddgenfileinfコマンド）で、初回登録時も-rオプション（更新を指定するオプション）を指定して実行するとエラーになるのは、仕様ですか？

はい。
btfwaddgenfileinfコマンドの-rオプションは、世代ファイル情報の更新の場合にだけ指定します。