コマンド／シェルスクリプト用のアプリケーション連携実行基盤定義ファイルで編集できる項目を教えてください。

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コマンド／シェルスクリプト用のアプリケーション連携実行基盤定義ファイルで編集できる項目は、「server-charset」だけですか？

はい。
コマンド／シェルスクリプト用のアプリケーション連携実行基盤定義ファイルで編集可能な項目は、「server-charset」だけです。これ以外の項目は編集できません。