プロシジャ定義を使用していない場合でも、プロシジャ定義用のDSI資源の退避を行っても問題ありませんか？

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バッチジョブ定義データベース環境資源の退避の際に、プロシジャ定義を使用していない場合でも、プロシジャ定義用のDSI資源（BTFWDB.DSI_DEF_BTFW_PROCTBL）の退避を行っても問題ありませんか？

問題ありません。マニュアルの手順どおりに退避してください。
プロシジャ定義を使用していない場合には、0件という情報が退避され、復元時に0件の情報が書き込まれます。